Plate reading#
PyLabRobot supports the following plate readers:
This example uses the PlateReaderChatterboxBackend. When using a real machine, use the corresponding backend.
from pylabrobot.plate_reading import PlateReader, PlateReaderChatterboxBackend
pr = PlateReader(name="plate reader", backend=PlateReaderChatterboxBackend(), size_x=0, size_y=0, size_z=0)
await pr.setup()
Setting up the plate reader.
Basic plate reading#
First you need to assign a plate to the plate reader.
from pylabrobot.resources import Cor_96_wellplate_360ul_Fb
plate = Cor_96_wellplate_360ul_Fb(name="plate")
pr.assign_child_resource(plate)
Luminescence#
data = await pr.read_luminescence(focal_height=4.5)
Reading luminescence at focal height 4.5.
Read the following wells:
| 1| 2| 3| 4| 5| 6| 7| 8| 9| 10| 11| 12|
---------------------------------------------------------------------------------------------------
A | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
B | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
C | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
D | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
E | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
F | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
G | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
H | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
Data is a 2d array of optional floats.
data
[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]]
Absorbance#
await pr.read_absorbance(wavelength=450)
Reading absorbance at wavelength 450.
Read the following wells:
| 1| 2| 3| 4| 5| 6| 7| 8| 9| 10| 11| 12|
---------------------------------------------------------------------------------------------------
A | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
B | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
C | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
D | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
E | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
F | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
G | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
H | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]]
Data is a 2d array of optional floats.
data
[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]]
Fluorescence#
await pr.read_fluorescence(excitation_wavelength=485, emission_wavelength=520, focal_height=4.5)
Reading fluorescence at excitation wavelength 485, emission wavelength 520, and focal height 4.5.
Read the following wells:
| 1| 2| 3| 4| 5| 6| 7| 8| 9| 10| 11| 12|
---------------------------------------------------------------------------------------------------
A | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
B | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
C | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
D | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
E | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
F | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
G | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
H | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000|
[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]]
Data is a 2d array of optional floats.
data
[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]]
Reading parts of plates#
The example below shows luminescence, but the API is the same for luminescence, absorbance and fluorescence.
data = await pr.read_luminescence(focal_height=4.5, wells=plate["A1:C5"])
Reading luminescence at focal height 4.5.
Read the following wells:
| 1| 2| 3| 4| 5| 6| 7| 8| 9| 10| 11| 12|
---------------------------------------------------------------------------------------------------
A | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| | | | | | | |
B | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| | | | | | | |
C | 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| 0.000| | | | | | | |
D | | | | | | | | | | | | |
E | | | | | | | | | | | | |
F | | | | | | | | | | | | |
G | | | | | | | | | | | | |
H | | | | | | | | | | | | |
data
[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, None, None, None, None, None, None, None],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, None, None, None, None, None, None, None],
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, None, None, None, None, None, None, None],
[None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None],
[None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None],
[None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None],
[None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None],
[None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None]]